hay varias formas:

- usar el partition magic de windows y romper las partiones linux ext3 y linux swap, después debes romper el grub(gestor de arranque de linux) inicias con un disco de windows 98 o msdos y ejecutas fdisk/mbr.

- Romper las particiones de linux con el fdisk de linux, con el disco de arranque de linux, con un terminal, cuando aparezca el entorno gráfico pulsal ctr+alt+f28estás en moso comando)

ejecutar fdisk /dev/hda o fdisk /dev/sda
plsar p (ve las particiones)
pulsar d y el nro de partición a borrar (ver la linux swap y la linux)
repetir para la otra

pulsar p para ver el resultado y si es correcto pulsar w (escribir), después romper el gestor de arranque con disco w98 (como antes).

Saludos