Veamos como instalar el Java de Sun en FC6 y despues controlar mediante "alternatives" que java queremos usar, el de Sun o el gcj que trae fedora por defecto.

Lo primero es bajarnos de la web java.sun.com el jdk de sun, tiene que ser tal que así: jdk-6-linux-i586.bin y no acabado en rpm.bin

Una vez lo tenemos en nuestro equipo ejecutamos:
#chmod a+x jdk-6-linux-i586.bin
#./jdk-6-linux-i586.bin

aceptamos la licencia escribiendo yes

Movemos el directorio que se ha descomprimido:
# mv jdk1.6.0 /opt/jdk1.6.0

Ahora instalamos el plugin para el navegador Firefox:
# ln -s /opt/jdk1.6.0/jre/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so /usr/lib/mozilla/plugins/libjavaplugin_oji.so

ahora controlaremos java vía alternatives:
# /usr/sbin/alternatives --install /usr/bin/java java /opt/jdk1.6.0/jre/bin/java 2
#echo 2 | alternatives --config java

Y con este comando comprobamos que efectivamente estamos usando la versión de sun:
# java -version
java version "1.6.0"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0-b105)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 1.6.0-b105, mixed mode, sharing)